Este manga relata tres historias en paralelo (y más adelante se suma alguna más). La principal, Junjo Romantica, es sobre Usami y el hermano menor de su amigo - y amor no correspondido-, Misaki. Usami es un famoso escritor de novelas, especialmente BL. Tras conocerse al Misaki necesitar de su ayuda para aprobar un examen de ingreso a una universidad, la curiosidad se desata cuando Misaki descubre las obras en la que trabaja Usami, y en las que inexplicablemente aparecen mencionados su hermano y él.

Las otras dos historias son de aparición menos frecuente pero igual complementan a la historia principal. Junjo Egoist trata sobre Hiroki, quien ama a Usami casi desde que tiene uso de razón, pero alguien llamado Nowaki. La tercera historia, Junjo Terrorist, es protagonizada por el jefe de Hiroki, Miyagi, quieno no logra dejar atrás su trágico pasado, que puso fin a su matrimonio. Quien podría cambiar eso es Shinobu, un chico que se le aparece de repente para decirle que lo ama. La diferencia de edad podría no ser una gran problema, teniendo en cuenta que, entre otros factores, Shinobu es el hermano menor de su ex mujer.